Η αρχαιολογική ανασκαφή θεωρείται εν γένει το πλέον αξιόπιστο μέσο ανάκτησης αρχαιολογικών δεδομένων, καθώς αποκαλύπτει κατάλοιπα κάτω από την επιφάνεια του εδάφους. Έτσι, παρέχει την ευκαιρία της άμεσης επαφής και ελέγχου των δεδομένων που προκύπτουν από τον εντοπισμό και τον καθορισμό των αρχαιολογικών θέσεων[1]. Μέσω της ανασκαφής ανακτώνται από τη γη αρχαιολογικά δεδομένα μη ανακτήσιμα με διαφορετικό τρόπο και αποκαλύπτονται ακολουθίες δομών ή διαστρωματωμένες και ασφαλείς χρονολογικές αλληλουχίες περιβαλλοντικών ή οικονομικών δεδομένων μιας αρχαιολογικής θέσης. Το έδαφος είναι ένα ιστορικό κείμενο, το οποίο, όπως και το γραπτό αρχείο, χρειάζεται αποκρυπτογράφηση, μετάφραση και ερμηνεία, πριν μπορέσει να χρησιμοποιηθεί[2].
Η συζήτηση για τον καταστροφικό χαρακτήρα της ανασκαφικής πρακτικής είναι μεγάλη, καθώς η αντίληψη πως «η ανασκαφή είναι καταστροφή» επαναλαμβάνεται συχνά στους αρχαιολογικούς κύκλους, ακόμη και ως προτροπή για προσεκτική καταγραφή[3]. Αν δεν προβάλλεται ως καταστροφική δραστηριότητα, ορίζεται ως «μη επαναλήψιμο πείραμα»[4]. Άλλοι δίνουν έμφαση στις δημιουργικές όψεις της ανασκαφής, βλέποντάς την όχι ως «καταστροφέα» υλικού, αλλά ως «δημιουργό» δεδομένων[5] και δίνουν έμφαση στις ευκαιρίες για δημιουργικότητα της ανασκαφικής πρακτικής[6]. Παρόμοια, η ανασκαφή θεωρείται υλική παρέμβαση και μορφή αρχειοθέτησης που ενσωματώνει τις υποκειμενικές προσεγγίσεις του ανασκαφέα, τις ερμηνείες και τις προκαταλήψεις του, όπως και την αντίληψη ότι το αρχαιολογικό αρχείο καθίσταται υποκειμενικό από τη στιγμή που εμπλέκεται μαζί του ο αρχαιολόγος[7].
Οι παραπάνω θεωρήσεις δεν καλύπτουν, ωστόσο, ένα δεύτερο πρόβλημα που αφορά στην προσεκτική εξέταση της ποιότητας των δεδομένων[8]. Με την πρόοδο των τεχνολογιών καταγραφής, ορισμένοι φαίνεται να επιστρέφουν στη συντηρητική άποψη, που συγκρίνει την αυξανόμενη ποιότητα των δεδομένων με την αντικειμενικότητα με την οποία μπορεί να ανακτηθεί[9]. Ωστόσο, λόγω της έγχυσης των προκαταλήψεων των ανασκαφέων στη διαδικασία της ανασκαφής, η σημασία της αρχαιολογικής καταγραφής δεν είναι τόσο σημαντική για τη διατήρηση ακριβών αντιγράφων των στρωματογραφικών προβλημάτων, όσο για τη διατήρηση του τρόπου με τον οποίο οι ανασκαφείς αλληλεπιδρούν μαζί τους[10].
Από τη στιγμή που λαμβάνεται η απόφαση για την ανασκαφή μιας αρχαιολογικής θέσης, συγκροτείται ομάδα εργασίας για την πραγματοποίηση του ανασκαφικού έργου. Την ευθύνη για τη γενική εποπτεία και τον συντονισμό της ανασκαφικής ομάδας φέρει ο διευθυντής της ανασκαφής. Ανάλογα με το μέγεθος της αρχαιολογικής θέσης, τους στόχους και τους διαθέσιμους πόρους, που καθορίζονται από τον ερευνητικό σχεδιασμό, η ανασκαφική ομάδα χρειάζεται εκτός από τους επόπτες τομών και άλλους αρχαιολόγους, όπως και εκείνους τους επιστήμονες που απαιτούνται, ανάλογα με τη φύση της θέσης που πρόκειται να ανασκαφτεί. Επίσης, χρειάζονται άτομα αρκετών ειδικοτήτων όπως σχεδιαστές, χειριστές ηλεκτρονικών υπολογιστών, φωτογράφοι, συντηρητές και βοηθοί για την επεξεργασία των ευρημάτων, έμπειροι τεχνίτες και εργάτες[11].
Όποια και αν είναι η φύση της αρχαιολογικής θέσης και της στρωματογραφίας της, ο σκοπός της αρχαιολογικής ανασκαφής είναι η κατανόηση της σειράς των αποθέσεων και των γεγονότων που τα παρήγαγαν. Με άλλα λόγια, η ανασκαφική έρευνα στοχεύει στην παραγωγή μιας ιστορίας των αποθέσεων για κάθε ανασκαμμένο τετράγωνο ή ομάδα τετραγώνων. Στη συνέχεια, κατά τη μεταανασκαφική ανάλυση, καθορίζεται η κάθετη χρονολόγηση και η σύνθεση των πολιτισμικών ιστοριών που παράγει η κάθε απόθεση[12].
Η ιδανική ανασκαφή εξάγει από την αρχαιολογική θέση όλα όσα θα μπορούσαν ενδεχομένως να γίνουν γνωστά, δηλαδή όλα όσα επιβίωσαν από τις φυσικές και χημικές διαδικασίες φθοράς. Συνεπώς οι χρησιμοποιούμενες μέθοδοι στην ιδανική ανασκαφή χρειάζεται να είναι εκλεπτυσμένες, καθώς η βιαστική εκσκαφή θα ανακτήσει μόνο ένα μικρό ποσοστό αρχαιολογικών δεδομένων. Πολύ συχνά, οι ανασκαφές γίνονται βιαστικά ή πραγματοποιούνται με μηχανικούς εκσκαφείς {JCB
) αντί για τα κλασικά εργαλεία, εξαιτίας παραγόντων που βρίσκονται πέρα από τον έλεγχο του αρχαιολόγου, όπως η επικείμενη οικιστική ανάπτυξη, η τυχαία ανακάλυψη ή απλή έλλειψη πόρων[13].
Όταν αφαιρούνται τα στρώματα της αρχαιολογικής θέσης, καταγράφονται λεπτομερώς και με τη μεγαλύτερη δυνατή ακρίβεια. Βέβαια, η εξαντλητική καταγραφή όλων των ευρημάτων, αν και τεχνικά εφικτή, είναι ασύμφορη και κοστοβόρα. Περαιτέρω, η ολοσχερής αφαίρεση όλων των στρωμάτων είναι εν γένει ανεπιθύμητη, καθώς απογυμνώνει την αρχαιολογική θέση από δεδομένα, πιθανώς χρήσιμα σε μελλοντική έρευνα. Μέση οδός στο πρόβλημα θα μπορούσε να είναι η επιλεκτική συντήρηση ή η μακροπρόθεσμη ανασκαφή θέσεων προσεκτικά επιλεγμένων, όπου μπορούν να εξασφαλιστούν οι βέλτιστες συνθήκες ανασκαφής, μαζί με τη σωστική ανασκαφή όσο το δυνατόν περισσότερων θέσεων. Η συγκεκριμένη λύση έχει αποδώσει ικανοποιητικά αποτελέσματα, τουλάχιστον στη βρετανική αρχαιολογία[14].
Στις σωστικές ανασκαφές που διεξάγονται σε θέσεις που απειλούνται από ανθρωπογενείς ή φυσικές καταστροφές, η ταχύτητα και τα χρησιμοποιούμενα εργαλεία –συνήθως μηχανικοί εκσκαφείς- απαιτούν αυξημένη προσοχή, ώστε να είναι δυνατή η ανάκτηση και η καταγραφή όσο το δυνατόν περισσότερων δεδομένων πριν από την πλήρη ανασκαφή και συνεπώς καταστροφή της θέσης. Στον αντίποδα, στις συστηματικές ανασκαφές, που διεξάγονται χωρίς χρονικές πιέσεις και σε θέσεις που δεν απειλούνται από φυσικές ή ανθρωπογενείς καταστροφές, η ανάκτηση και καταγραφή των αρχαιολογικών δεδομένων γίνεται με συστηματικό τρόπο[15].
Πριν από την ανασκαφή μιας θέσης είναι αναγκαία η σχεδίαση ενός συνολικού γενικού καννάβου και του γενικού τοπογραφικού σχεδίου, στο οποίο αποτυπώνονται τα όρια της θέσης, τα φυσικά χαρακτηριστικά της, οι πιθανές ανθρωπογενείς παρεμβάσεις, οι υψομετρικές καμπύλες και τα διαφορετικά υψόμετρα πάνω από τη στάθμη της θάλασσας.